NTRK融合

基因
NTRK1/2/3
突变类型：融合

发生率  
欧洲人群及亚洲（东亚/中国）小于1%

诊断意义
FDA 批准 Larotrectinib 用于 NTRK1/ NTRK2/ NTRK3 融合阳 性的实体瘤患者。美国  NCCN 指南推荐 Larotrectinib 用于一 线治疗  NTRK 基因融合阳性的转移性 NSCLC 患者。

有适应证

• 拉罗替尼（Larotrectinib，Vitrakvi，LOXO-101）
  

临床试验中
Entrectinib、LOXO- 195

二代测序（NGS）是目前唯一能同时检测多种变异类型的检测方法，包括融合、突变、扩增等，具有较高的灵敏度和特异性。鉴于NTRK在常见肿瘤中突变率低、融合结构复杂、伴侣众多，采用NGS检测NTRK基因融合最为有效[1]。但对于NGS 鉴定出的基因变异，并非都是(潜在)功能性变异，更多的基因变异尚无明确的生物学和/或临床意义。因此，如何及时、准确的将测序发现的肿瘤基因组变异信息转化为临床医生可读取并用于指导临床决策至关重要[2]。
据文献报道[3]，80%左右的肿瘤医生会在临床诊疗决策中参考NGS报告，但有约50%的肿瘤医生认为NGS报告解读较为困难（如突变位点的临床意义解读、如何根据突变信息选择正确的治疗方案等）。为帮助临床医生梳理NGS报告解读逻辑，快速抓取关键信息，同时尽可能避免错误的基因突变信息解读导致的潜在风险，我国二代测序临床报告解读肿瘤学专家组制定《肿瘤二代测序临床报告解读共识》，明确NGS分子报告解读策略[2] ：

NGS报告解读决策树

NTRK基因融合判读的难点及应对方法

目前NTRK基因融合检测的实施比例较低，尤其是中国，NTRK检测率仅为1.3%[4]。NTRK的突变类型较多，临床医生对于如何区分不同变异类型的临床意义可能会存在疑问。此外，NTRK基因结构和融合形式非常复杂（如内含子区域重排、novel fusion等），NTRK分子检测报告的解读是临床医生面临的一大难点。
NTRK不同突变类型是否有意义：TRK蛋白可能通过多种机制激活，包括NTRK突变、剪接变体、TRK过表达和NTRK基因融合。对于NTRK基因，融合才能激活下游分子信号通路，并可能对TRK抑制剂应答；此外，并非所有NTRK的“结构重排”都会产生嵌合RNA和蛋白质，检测嵌合RNA可能是检测致癌融合的最直接、最准确的方法。对于NTRK基因，无论是突变还是基因扩增都不是目前批准的TRK抑制剂治疗的有效靶点。
NTRK基因融合临床意义的判读：鉴于激酶结构域是NTRK1/2/3发挥驱动活性的重要结构，主要分布在exon13-exon17区域。其中，NTRK1融合断裂位点分布较为分散，NTRK2/3的融合断裂位点则相对较集中。因此，对于NTRK基因融合临床意义判读可通过评估NTRK基因序列的保留方向（5’端或3’端）以及酪氨酸激酶区是否保留初步确认是否发生融合，然后通过分析断点位置及激酶区保留程度判断NTRK基因融合的临床意义。
novel fusion临床意义的判读：若在DNA水平的NGS检测到既往未报道的罕见融合，如果样本量允许，可考虑RNA-seq方法从表达水平层面进行验证；如果没有足够的样本进行RNA-seq验证，建议进一步分析和挖掘原始生信数据或通过多学科会诊等方式进行充分讨论。

NTRK基因融合突变已被确定为泛实体瘤成人和儿童患者的致癌驱动因素，虽然在实体瘤的整体发病率仅为0.3%[1]，但考虑实体瘤患者的庞大数量，NTRK基因融合突变阳性患者的绝对数量并不少。并且，阳性患者可以在靶向治疗中显著获益，数据显示中国人群的客观缓解率达81%[2]。鉴于NTRK基因融合的罕见性，治疗的关键问题是如何以经济高效的方式找到阳性患者。
现阶段，NTRK融合突变的检测方法主要包括免疫组织化学法（IHC）、逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）、荧光原位杂交（FISH）和二代测序（NGS）方法学。相较而言，IHC方法检测NTRK融合具有高灵敏度、低成本和易开展等特点，更适合用于筛查富集潜在阳性患者。早在2019年，就有相关产品（VENTANA pan-TRK (EPR17341)检测试剂）获得国家药品监督管理局(NMPA)批准上市。ESMO（欧洲肿瘤内科学会）指南中推荐使用IHC方法筛查富集、再使用NGS进行确认的策略寻找阳性患者[3]。《中国实体瘤NTRK融合基因临床诊疗专家共识》也指出：pan-TRK IHC可以作为NTRK融合突变发生率较低、常规条件下不推荐NGS DNA panel方法的癌种初筛方法；也可以作为NGS检测方法的复核手段。


参考文献：
[1]《中国实体瘤NTRK融合基因临床诊疗专家共识》
[2]*2023ESMO数据更新：Shun lu et al.2023 ESMO.666P
[3]C. Marchio, M. Scaltriti, M. Ladanyi., et al. Annals of Oncology 30: 1417–1427, 2019.
[4]Solomon, James P., et al. NTRK fusion detection across multiple assays and 33,997 cases: diagnostic implications and pitfalls. Modern pathology: an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc (2019).