胚系变异是指在人的胚胎发育时便已携带的变异（几乎全部遗传自父母，人体的所有细胞都带有一致的胚系变异），这区别于肿瘤体细胞突变（在肿瘤发生过程中产生，只在肿瘤细胞中带有）。
人类的胚系变异有超过3千万种，绝大多数胚系变异并不致病，构成了人与人之间的遗传多样性。癌症患者接受的基因检测往往会检测到胚系变异及多态性，可以通过大型已知遗传数据库对这些位点进行风险评估。由于这些数据多来自于生物信息学预测，因此风险评估仅供参考。
一、肿瘤体细胞变异分类
根据 CAP、AMP、ASCO 和 ACMG 在 2017 年联合发表的肿瘤体细胞变异分类指南，结合实验室实践经验，将变异分为临床意义明确(I 类)、有潜在临床意义(II 类)、临床意义不明确(III 类)和良性或可能良性(IV 类)，其中 I 类（A 级和B 级）和 II 类（C 级和 D 级）变异分为 4 个等级： （一）临床意义明确(I 类)：
A 级：NMPA/FDA 等批准/NCCN 等指南共识推荐该生物标志物用于预测药物在该癌种中的应答/敏感性。
B 级：充分的临床研究支持该生物标志物用于预测药物在该癌种中的应答/敏感性，已形成专家共识。 （二）有潜在临床意义(II 类)：
C 级：小型临床研究支持该生物标志物用于预测药物在该癌种中的应答/敏感性，或 NMPA/FDA 等批准/NCCN 等指南共识推荐该生物标志物用于预测药物在其它癌种中的应答/敏感性，该生物标志物作为该癌种临床试验入组筛选标准。
D 级：临床前研究和/或案例研究支持该生物标志物用于预测药物的应答/敏感性。 （三）临床意义不明确(III 类)：
该变异等位基因频率在人群数据库和肿瘤数据库中不显著，未见可信的文献报道该变异和临床的关系。 （四）良性或可能良性(IV 类)：
该变异等位基因频率在人群数据库中显著升高，未见可信的文献报道该变异和临床的关系。本次检测不报告良性或可能良性(IV 类)的变异。
AMP/ASCO/CAP 指南：基于证据的体细胞突变分类
来源：《肿瘤二代测序临床报告解读共识》（2022 年）
二、胚系变异分类
胚系变异致病性分类参照美国医学遗传学和基因组学学会（American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG）和国际癌症研究机构（International Agency for Research on Cancer, IARC）相关指南，分为五类：
